土壤消毒可使蔬菜土傳病蟲害發生概率明顯下降，而且植株生長旺盛，產量也大大提高。夏季歇茬期正是進行棚室土壤消毒的最佳時期，要根據實際情況選擇合適的土壤消毒劑，科學地為土壤消毒。

首先，施用土壤消毒劑前要精細整地。在蔬菜拔園后立即將廢菜苗運到棚外，放在遠離棚室的地方集中銷毀。在施用土壤消毒劑前先進行深翻（約30厘米），再用旋耕機旋地，使土壤顆粒細小而均勻。這樣在一定程度上能充分發揮土壤消毒劑的效果。注意，土壤消毒劑要在糞肥施用后施用，同時增施生物菌肥。

其次，保持適宜的土壤濕度。消毒時土壤濕度應保持在60%～70%。如遇連續晴天，濕度達不到60%就需要提前澆地。澆地后3～4天（濕度以手捏成團、1米高處落地能散開為標準），各種病原菌及根結線蟲對藥劑處于敏感狀態，雜草種子準備萌芽，更容易被土壤消毒劑殺死。

第三，正確覆蓋塑料薄膜。施用土壤消毒劑后覆蓋的塑料薄膜不能太薄，最好用無透膜（不透氣）或厚度在0.04毫米以上的塑料薄膜。塑料薄膜四邊要壓好，注意不能有破損，最好用新膜，以防止漏氣而降低消毒效果。從旋耕到覆膜最好在2～3小時完成。